1992 begann Pesko mit dem Snowboarden. Pesko nahm vermehrt an Freestyle-Contests teil und wurde am Ende der Saison die Schweizermeisterin in der Halfpipe. In Folge dessen beschloss sie, sich vor allem auf Freestyle zu konzentrieren.
Bei der Weltmeisterschaft 2005 in Whistler Mountain gewann sie die Silbermedaille in der Halfpipe. Bei den Olympischen Winterspielen 2006 in Turin belegte sie in der Halfpipe den siebten Platz. Ihr grösster Erfolg ist der Gewinn der Halfpipe-Goldmedaille bei der Weltmeisterschaft 2007 in Arosa. Viermal wurde sie Weltcup-Siegerin in der Halfpipe.
Am 30. Oktober 2008 gab Manuela Pesko das Ende ihrer aktiven Karriere bekannt.